Pasca runtuhnya rezim orde baru pada tahun 1997 M serta gelombang reformasi (1998) yang dimotori oleh para mahasiswa dan aktifis dakwah kampus, maka para kader-kader dakwah berinisiatif membentuk Lembaga Dakwah Kampus (LDK) di berbagai kampus negeri dan swasta agar dapat turut serta dalam perjuangan mensyiarkan dakwah yang pada era orde baru terkekang dan diawasi secara ketat. Kegiatan-kegiatan keagamaan di dalam kampus juga dibatasi. Termasuk di Lembaga Pengetahuan Islam dan Arab (LIPIA) Jakarta berdirilah Lembaga Dakwah Kampus pada awal tahun 1998 M. Demikian terus berlangsung hingga tahun 2000 M.

LDK LIPIA secara struktural sebenarnya tidak ada kaitannya dengan kampus. Mengingat kondisi kampus yang berbeda dengan kampus-kampus lainnya, dimana pihak rektorat tidak memiliki garis koordinasi secara langsung dengan organisasi kemahasiswaan yang ada, LDK LIPIA mengubah namanya menjadi Lembaga Kajian Islam (LKI) Al-Fatih yang di resmikan pada tanggal 9 Juni 2000 M.

Syuro Umum Anggota (SUA) LKI Al-Fatih pada tanggal 19 April 2009 M di SMP Islam As-Salam memutuskan untuk merubah kembali nama LKI seperti  semula, yaitu LDK Al-Fatih.